Gắn liền với quá trình hình thành và phát triển của vùng đất Biên Hòa, Phụng Sơn Tự không chỉ là một công trình tín ngưỡng lâu đời mà còn là dấu ấn lịch sử của cộng đồng người Hoa gốc Phúc Kiến qua nhiều thế hệ. Trải qua bao biến chuyển của thời gian, ngôi chùa vẫn lưu giữ nét kiến trúc cổ kính, không gian thờ tự trang nghiêm cùng những giá trị văn hóa – tâm linh bền vững, trở thành chứng nhân thầm lặng cho dòng chảy lịch sử và đời sống tinh thần của cư dân địa phương.